Alguns botões, especialmente OK e Finish, não respondem ao clique do mouse. É necessário manter o foco no botão (mantendo o mouse sobre o botão, por exemplo) e pressionar a tecla ENTER.
Solução (simples):
É necessário sobre-escrever uma variável de ambiente antes de executar o eclipse:
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GDK_NATIVE_WINDOWS=true eclipse
#---
solução (para atalho no desktop):
Crie um script shell e o use como comando no atalho:
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cat > ~/bin/eclipse.sh << __END__
GDK_NATIVE_WINDOWS=true eclipse
__END__
chmod 755 ~/bin/eclipse.sh
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Fonte: http://forums.fedoraforum.org/showthread.php?s=a3c988d542abeeb3b04991ab5c12070d&p=1301362#post1301362
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